根據臺大醫院大腸鏡說明書，如安排上午檢查，降血壓與其他必要之藥物請於當日早上5點前服用；如安排下午檢查，則於檢查當日早上9點前服用。
然而，若有服用以下三大類藥品則需要和醫師討論是否暫停。
抗血栓藥品
此類藥品會增加血液凝固的時間，是否暫時停藥須考量到此次大腸鏡檢查是否會同時進行如息肉切除術等可能造成出血的治療，如果確定不會進行則不需停藥；若有可能進行則需與醫師討論，切勿擅自停藥，因為可能導致血栓的產生。故需要經過醫師進一步的評估決定是否暫時停止服用以及停藥的時間。抗血栓藥品作用持續時間不同，因此停藥的時間也不同，有些在術前1至2天停藥即可，有些則在要術前5至7天開始停藥，建議病友應即早與醫師討論。
降血糖藥品
降血糖藥品包含口服降血糖藥以及胰島素等，大腸鏡檢查需要空腹一段時間，於未進食的狀態使用降血糖藥品可能會有低血糖的風險，尤其常用於降餐後血糖的速效型藥品、磺醯脲類（Sulfonylureas）降血糖藥品及短效或混合型胰島素，在未進食的狀態下使用易發生低血糖，因此可能需要暫停或調整劑量，安排檢查時也應與醫師討論降血糖藥品的使用。
非處方藥品
常見如鐵劑、銀杏、魚油等需暫時停止使用。鐵劑除了可能影響大腸鏡檢查前的清腸效果外，也會影響大腸鏡檢查的品質。銀杏與魚油則是可能增加出血風險，且此類藥品暫時停藥多半不會有不良反應的發生，故建議在大腸鏡檢查的前5至7天可以暫時停止使用，以確保檢查品質。
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