腹瀉是使用抗生素常見的副作用，此種腹瀉可能是一般的腹瀉或是較嚴重的偽膜性腸炎，通常會在用藥後幾天內出現，抗生素引起的一般腹瀉在停藥後大多能緩解，有些嚴重的偽膜性腸炎則需藥物治療。

當腹瀉發生時，要注意觀察有無脫水現象，適時的補充電解質及水分是很重要的，輕微或中度的腹瀉，可進食葡萄糖電解質補充液，並採取低渣、低油的飲食，避免辛辣等刺激性及果汁、汽水等糖分高的食物，且應繼續服用抗生素；若為嚴重腹瀉時，則需就醫。

另外，有些文獻指出服用益生菌可能可以降低抗生素引起腹瀉的機率，或是縮短腹瀉的時間。

相較於世界衛生組織(World Health Organization; WHO)建議的口服葡萄糖電解質液，市售的運動飲料所含之滲透壓及糖份較高，鈉含量又較低，無法適當補充電解質且可能加重腹瀉，建議仍應服用醫師處方或藥局購買之電解質補充液。

WHO建議之口服葡萄糖電解質補充液成份含量