一般眼藥水開封後應存放於陰涼乾燥處，避免陽光直射，並避免置於幼童可以碰觸的地方，不需要特別冷藏，而有些眼藥水則需要冷藏保存，如：

懸浮液或黏性較大的眼藥水不建議冷藏，若冷藏則取出冰箱後應該搖晃混合後再使用，如：

通常眼藥水開封後，為避免眼藥水污染或長菌，一個月內若仍未用完即應丟棄，若發現眼藥水有變色或沉澱，應立即停止使用並丟棄。

藥膏類眼藥也不建議冷藏，熱威樂素眼用軟膏(Zovirax Ophthalmic Ointment)開封一個月後即應丟棄，其餘眼藥膏請參閱藥品說明書上記載之保存期限。眼用藥品的保存請詳閱包裝上說明或向藥師諮詢。

一般來說，若需要使用多種眼藥水，兩種眼藥水使用間隔至少為5分鐘，若眼藥水併用眼藥膏，一般使用間隔至少為10分鐘。但美特朗持續性點眼液(Mikelan LA Ophthalmic Solution)為長效劑型，為維持其持續性藥效，使用其它點眼液後至少需間隔10分鐘再使用美特朗持續性點眼液，若必須先使用美特朗持續性點眼液，至少需間隔20分鐘再使用其它點眼液。